Va ser el membre més jove i silenciós de la banda britànica, però també va ser el que més va col·laborar en composicions al costat de Freddie Mercury, el seu principal aliat creatiu.

En 1997, Deacon va decidir retirar-se de l'activitat musical, encara que manté la seua associació amb els seus ex companys, el bateria Roger Taylor i el guitarrista Brian May.

Biran May solia referir-se al baixista com "l'arma secreta de Queen", ja que alguns dels majors èxits del grup porten la seua signatura, com ara "Another One Bites the Dust", "I Want to Break Free" i "You're My Best Friend".

Deacon és considerat com un dels baixistes més versàtils en la història del rock, la revista Rolling Stone el va posicionar en el lloc 32 de la seua llista dels 100 millors baixistes de tots els temps.

Després de la mort de Freddie Mercury, John Deacon es va presentar al costat de May i Taylor en el Freddie Mercury Tribute Concert de 1992.

En 1993, John es va unir a Roger per a tocar en el concert en Cowdray Ruins, interpretant sis temes. Entre aqueix any i 1995, es va dedicar a finalitzar l'àlbum "Made In Heaven" amb Brian i Roger. En 1997, va participar en el primer i únic senzill de Queen sense Mercury, "No-One But You".

Aqueixa cançó i la seua actuació benèfica a París en 1997, on va aparéixer al costat de Elton John i la resta de la banda, representen els últims treballs de John en Queen.

Des d'aqueix any fins a l'actualitat, s'ha mantingut retirat de l'àmbit musical. Això segurament està relacionat amb l'afirmació de John que no podria haver-hi un Queen sense Mercury.